home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ BCI NET 2 / BCI NET 2.iso / archives / demos / misc / prosite.lha / Prosite / data / PDOC00455 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1995-03-04  |  1.5 KB  |  36 lines
  1. ************************************
  2. * Ribosomal protein L19e signature *
  3. ************************************
  4.  
  5. A number of eukaryotic  and  archaebacterial ribosomal proteins can be grouped
  6. on the basis of sequence similarities. One of these families consists of:
  7.  
  8.  - Mammalian L19 [1].
  9.  - Drosophila L19 [2].
  10.  - Slime mold (D. discoideum) vegetative specific protein V14 [3].
  11.  - Yeast L19 (YL14).
  12.  - Halobacterium marismortui HmaL19 (HL24) [4].
  13.  - A probable ribosomal protein (ORF E) from Methanococcus vannielii [5].
  14.  
  15. These proteins have 148 to 196 amino-acid residues. As a signature pattern, we
  16. selected a stretch of about 50 residues in the central part of these proteins.
  17. This region contains 11 conserved positions,  amongst which positively charged
  18. amino acids.
  19.  
  20. -Consensus pattern: R-x-[KR]-x(5)-[KR]-x(3)-[KRH]-x(2)-G-x-G-x-R-x-G-x(3)-A-R-
  21.                     x(3)-[KQ]-x(2)-W-x(7)-R-x(2)-L-x(3)-R
  22. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  23. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  24. -Last update: June 1994 / Pattern and text revised.
  25.  
  26. [ 1] Chan Y.-L., Lin A., McNally J., Peleg D., Meyuhas O., Wool I.G.
  27.      J. Biol. Chem. 262:1111-1115(1987).
  28. [ 2] Hart K., Klein T., Wilcox M.
  29.      Mech. Dev. 43:101-110(1993).
  30. [ 3] Singleton C.K., Manning S.S., Ken R.
  31.      Nucleic Acids Res. 17:9679-9692(1989).
  32. [ 4] Hatakeyama T., Kaufmann F., Schroeter B., Hatakeyama T.
  33.      Eur. J. Biochem. 185:685-693(1989).
  34. [ 5] Auer J., Spicker G., Boeck A.
  35.      J. Mol. Biol. 209:21-36(1989).
  36.